MES制造执行系统是一种先进的生产管理理念，一个好的MES制造执行系统体现了一种科学、规范、细致的生产管理方法。因此，决策者在选择MES制造执行系统时，实际上是在企业中引入了一种全新的标准化生产管理方法。另一方面，企业的生产管理人员形成了许多适合行业特点、自身特点和领导特点的生产管理方法，这些方法符合自己的文化特点，在生产过程中发挥着重要作用。
遵循标准化、科学化的MES制造执行系统或坚持灵活的企业特征已成为决策者必须解决的问题。
通常有三个答案:
1.完全采用MES制造执行系统先进的方法，牺牲企业本身的特点;
2.遵循企业生产管理的特点，对MES制造执行系统进行“大手术”;
3.既采用先进的MES制造执行系统系统方法，又符合企业的生产管理特点。
方法一：实施周期短，系统功能完善。缺点在于生产人员适应期长。
方法二：实现周期长，系统错误率高;优点是生产人员适应期短。
方法三：是折中的方法，关键在于把握其度。一般成熟的MES制造执行系统只允许不超过20%的定制开发工作量。如何利用好这20%的特性，是企业在实施MES之前要仔细规划的问题。
自主开发VS选择成熟产品。
目前我国制造企业MES建设有两种模式:一种是选择成熟产品的咨询实施模式，一种是自主建设模式。大多数企业选择第一种模式，但一方面，由于管理文化的特点和中国制造企业的一些落后，MES制造执行系统在中国制造企业中似乎水土不服，许多功能模块无法在企业内部推广;另一方面，市场上的一些MES制造执行系统产品在技术和管理理念上不成熟或者缺乏实施经验，导致企业对MES制造执行系统产品的满意度较低。因此，一些R&D实力和资金实力较强的企业选择了自主发展的模式。
两者相比，自主开发实现周期长，系统维护复杂，但应用见效快;选择成熟的产品实施周期短，系统维护工作量小，但应用缓慢。但大多数选择自主开发的企业都有一定的实施背景条件，比如承担大型科研示范项目，或者在国际合作中引进一款原型软件并进行消化。对于国内大多数企业来说，选择成熟的产品进行适当的二次开发是比较明智的。
继承历史VS新实现。
很多企业在选择MES之前，信息化建设不是空白，或者MES已经实施但应用不成功，或者个别应用大量存在。面对大量的历史投资，每个决策者都希望利用好历史体系，保护投资。希望新实现的MES生产管理系统能够与历史系统接口，并利用其部分或全部功能。兼容性是新建MES制造执行系统系统的基本要求，但新系统在兼容的同时必然会被旧系统延迟，这是保护投资必须付出的代价。
因此，是否使用旧系统，如何利用好旧系统，应该在系统建设前统一评估和规划。基本原则是:一是保证新体制建设目标的实现;第二，在第一条的前提下，最大化历史制度的价值。